Buchstabencode

Der Buchstabencode ist ein in Chemie und Biochemie verwendetes Abkürzungssytem für Aminosäuren in Aminosäure-Sequenzen, wie zum Beispiel den Peptiden. Dazu wird jeder Aminosäure ein Kürzel aus einem bzw. aus drei Buchstaben zugeordnet, der eine Aminosäure eindeutig bestimmt.

Der Dreibuchstabencode einer Aminosäure ergibt sich aus seinem Trivialnamen und besteht in der Regel aus den ersten drei Lettern, wobei der erste Buchstabe groß, die anderen beiden zwingend klein geschrieben werden.

Ein 3-Buchstabencode wird zur Darstellung von langen Aminosäurenketten - wie zum Beispiel der Proteine - schnell unübersichtlich. Daher hat sich im Laufe der Zeit ein Einbuchstabencode etabliert, der viel prägnanter und vor allem sinnvoll bei der Zusammenfassung großer Datenmengen, beim Vergleich von Sequenzen und bei der Anwendung entsprechender Computertechniken ist.

Allerdings ist ein 1-Buchstabencode auf den ersten Blick weniger leicht verständlich und dessen Decodierung erfordert ein wenig Erfahrung - besonders, weil die verwendeten Kürzel weniger leicht mit der dazugehörigen Aminosäure assoziiert werden können (z. B.: K = Lysin).

Anwendung des Codes

Bei Verwendung des Einbuchstabencodes beginnt die Sequenz (linkes Ende) mit demjenigen Aminosäure-Rest, der die freie Amino-Gruppe trägt. Entsprechend befindet sich am Ende (rechts) der Rest mit der freien Carboxyl-Gruppe.

Buchstabencodes der Aminosäuren

Die nachfolgende Tabelle zeigt die jeweiligen Buchstabencodes (BCode) zu den einzelnen Aminosäuren sowie die Benennung der dazugehörigen Aminosäure-Reste.

[Sortierbare Tabelle durch 'Click' auf Spaltenkopf]

Aminosäure	Summenformel	1-BCode	3-BCode	Rest
Alanin	C₃H₇NO₂	A	Ala	Alanyl-
Arginin	C₆H₁₄N₄O₂	R	Arg	Arginyl-
Asparagin	C₄H₈N₂O₃	N	Asn	Asparaginyl-
Asparaginsäure	C₄H₇NO₄	D	Asp	α-Aspartyl-
Cystein	C₃H₇NO₂S	C	Cys	Cysteinyl-
Glutamin	C₅H₁₀N₂O₃	Q	Gln	Glutaminyl-
Glutaminsäure	C₅H₉NO₄	E	Glu	α-Glutamyl-
Glycin	C₂H₅NO₂	G	Gly	Glycyl-
Histidin	C₆H₉N₃O₂	H	His	Histidyl-
Isoleucin	C₆H₁₃NO₂	I	Ile	Isoleucyl-
Leucin	C₆H₁₃NO₂	L	Leu	Leucyl-
Lysin	C₆H₁₄N₂O₂	K	Lys	Lysyl-
Methionin	C₅H₁₁NO₂S	M	Met	Methionyl-
Phenylalanin	C₉H₁₁NO₂	F	Phe	Phenylalanyl-
Prolin	C₅H₉NO₂	P	Pro	Prolyl-
Pyrrolysin	C₁₂H₂₁N₃O₃	O	Pyl	Pyrrolysyl-
Selenocystein	C₃H₇NO₂Se	U	Sec	Selenocysteinyl-
Serin	C₃H₇NO₃	S	Ser	Seryl-
Threonin	C₄H₉NO₃	T	Thr	Threonyl-
Tryptophan	C₁₁H₁₂N₂O	W	Trp	Tryptophyl-
Tyrosin	C₉H₁₁NO₃	Y	Tyr	Tyrosyl-
Valin	C₅H₁₁NO₂	V	Val	Valyl-

Darüber hinaus werden verschiedene Kürzel verwendet, die stellvertretend entweder für eine unbekannte oder für mehrere aus einem Satz von Aminosäuren eingesetzt werden. Diese Platzhalter kommen vor allem dann zum Einsatz, wenn durch die chemische oder kristallografische Analyse einer Aminosäure-Sequenz die Identität eines Rests nicht oder nicht ausreichend geklärt werden konnte.

1-BCode	3-BCode	Code für	Anwendbar für
X	Xaa (Unk)	Irgendeine Aminosäure	Alle Aminosäuren
B	Asx	Asparagin oder Asparaginsäure	D, N
Z	Glx	Glutamin oder Glutaminsäure	E, Q
J	Xle	Leucin oder Isoleucin	I, L
Ψ		Aliphatische Reste	I, L, M, V
Ω		Aromatische Reste	F, H, W, Y
Φ		Hydrophobe Reste	F, I, L, M, V, W, Y
ζ		Hydrophile Reste	D, E, H K, N, Q, R, S, T
Π		Kleine Reste	A, G, P, S
+		Positiv geladene Reste	K, R, H
-		Negativ geladene Reste	D, E